ソフトウェアメーカー・エンコム社に在籍するフリンはゲーム、スペースパラノイド、を開発したものの、その全データを同僚のデリンジャーに盗まれてしまう。デリンジャーはスペースパラノイを自身の作として発表、ゲームは大ヒットし、たちまち彼はエンコムの社長に。フリンは場末のゲームセンターのマスターへと追いやられてしまう。ある日、偶然にもフリンのハッキングの事実を知ったエンコムの社員アランが、恋人のローラと共にフリンの元を訪ねて来る。これをチャンスと考えたフリンはエンコム社内のコンピュータから直接、アクセスさせてもらえるよう懇願。了承した2人はフリンをエンコムへと導き、またアランも不正調査とMCP破壊のために、開発途中の監視プログラム・トロンを起動することを決意する。
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